А вы кодировали шаблон как обычный "Верстачный шаблон" (тоесть шаблон который работает только в молекулярном сборщике?) или шаблон уникальный тоесть кладет просто предмет в механизм и он делает?
Если второй вариант посмотрите в чем проблема возможно у вас не правильно настроен автокрафт на это...