может быть такое из-за того что у тебя авто крафт настроен на пыль из определёного мода(к примеру термал) а ты делаешь пыль из другого мода( к примеру ic2) так что перепроверь свой крафт
Делайте автокрафт через индукционку из термала,на 1 мэ интерфейс можно поставить 5 топовых индукционок с фулл апгрейдами на скорость и правильно настроенными выходами
Настройте автокрафт на определённый вид слитков (без автозамены) и используйте его. Уберите из системы все другие крафты слитков.
Автозамена работает криво